Avec de nombreux Masters orientés vers la formation aux métiers de la recherche, la Faculté offre de nombreux débouchés dans le domaine de la recherche fondamentale, notamment en Lettres et en Histoire. Les étudiants les plus motivés peuvent envisager la réalisation d’un doctorat après leur Master, dans l’une des 8 mentions en « Arts, Lettres et Langues » ou « Sciences humaines et sociales » rattachée à la Faculté de l’université Jean Moulin – Lyon 3.
Le doctorat sanctionne un niveau élevé d’expertise et de spécialisation qui peut être valorisé dans l’enseignement supérieur (universités, classes préparatoires aux grandes écoles), dans des instituts de recherche type CNRS, mais aussi dans l’entreprise et l’administration par des postes à responsabilité.